Erstmals wurde Spiekeroog im Jahre 1398 erwähnt. Damals unter dem Namen Spiekeroch. Die Erwähnung bezog sich auf eine Urkunde in der Widzeld tom Brok und Folkmar Allena Herzog Albrecht I. von Bayern Ihren Besitz als Eigentum übertrugen und gleichzeitig als Lehen zurückerhielten. Also ähnlich von heutigen Kommunen, die ihre Infrastruktur verkaufen und sich diese dann zurückmieten.
Im Jahre 1625 lebten dann ganze 13 Familien auf der Insel. Diese bestritten ihren kargen Lebensunterhalt mit Fischfang, Landwirtschaft und der Herstellung von Muschelkalk. Später kam der Walfang als neue Einkommensquelle hinzu, die einen kurzen Wohlstand für die Inselbevölkerung nach sich zog.
Dann kamen der Krieg und die napoleonische Besatzung. Spiekeroog verarmte. Die einzigen nennenswerten Einkünfte wurden durch das Schmuggeln von Ware mit dem benachbarten, damals englischen, Helgoland erzielt. Ende des 18. Jahrhunderts entwickelte sich der Bädertourismus und ab 1820 wurde Spiekeroog von Feriengästen aufgesucht. Um 1850 zählte die Insel 134 Einwohner und 30 Häuser mit insgesamt 80 Betten für Feriengäste.
Ein dramatisches und bis heute nicht vergessenes Ereignis war der Untergang des Auswandererschiffes Johanne am 6. November 1857. Bei diesem Unglück vor dem Strand von Spiekeroog kamen etwa 80 Menschen ums Leben. Die Bevölkerung musste tatenlos zusehen, wie die Menschen vor ihren Augen ertranken, weil es auf der Insel keine geeigneten Rettungsboote gab, um Hilfe leisten zu können.
Dieses tragische Ereignis führte letztendlich zur Gründung des „Vereins zur Rettung Schiffbrüchiger an der ostfriesischen Küste“.
Die Anerkennung als Nordseeheilbad erhielt Spiekeroog im Dezember 1969. 1981 wurde der neue Hafen eingeweiht und bis heute genutzt. Der alte Hafen und die dazugehörige Inselbahn wurden stillgelegt. Glücklicherweise musste der Ort Spiekeroog niemals, wie auf anderen ostfriesischen Inseln geschehen, durch Sturm und Katastrophen verlegt werden. Dadurch stellt er ein einzigartiges Kulturerbe dar. Auch wurden kaum Erweiterungen und Modernisierungen durchgeführt, so dass zahlreiche alte Friesenhäuser in ihrem Originalzustand erhalten sind.