Wangerooge ist nach dem Wangerland, dem es vorgelagert ist benannt. Wanga ist friesisch für Wiese; das Wangerland heißt also einfach Wiesenland. Oog ist friesisch für Insel. Was Wangerooge auch Wieseninsel heißen lässt.
Die ersten menschlichen Ansiedlungen auf der Insel sind 1306 in einem Vertrag zwischen der Stadt Bremen und dem Gau Östringen zum Thema Strandrecht erwähnt. 1327 wurde über die Freilassung des Wangerooge Kapitäns Thedhardus diskutiert. Sein Schiff wurde von einem Sturm nach Zeeland getrieben und dort geriet er in die Gefangenschaft des Grafen von Holland. Ihm wurde die Teilnahme an einer Verschwörung der holländischen Westergoer und Staverner gegen den Grafen Wilhelm von Holland unterstellt. Um dieselbe Zeit wurde in Dokumenten ein Steinhaus auch als villa als Orientierungsmerkmal erwähnt, es wird vermutet das es sich um eine Art steinerne Burg handelt.
Von 1350 bis 1465 stand Wangerooge unter der Herrschaft der Familie tom Bork, die für Ihre Kollaboration mit den Seepiraten, u. a. Störtebeker bekannt war. 1398 übereignete Widzeld tom Bork seine Gebiete (darunter auch Wangeroog) dem Herzog Albrecht I. von Bayern, damals gleichzeitig auch Graf von Holland und erhielt sie von ihm als Lehn zurück.
In der Neujahrsflut von 1855 wurden alte Mauern, Brunnen und Furchen von früheren Äckern freigelegt, die uns zeigen, wo eine frühe Siedlung auf der Insel gelegen haben muss und wie weit die Insel dem Meer gewichen ist. Heute fließt die Harle über die alte Stätte. Im 16 Jhd. war die Insel im Westen stark im Abbruch, wie die meisten friesischen Inseln. Dabei nahm der Turm der Nikolaikirche, ein wichtiger Seefahrtsorientierungspunkt zur damaligen Zeit, starken Schaden und stand nur noch mit ca. 15 m Höhe. Der damalige Landesherr von Wangerooge Graf Johann von Oldenburg wurde 1575 gebeten den Turm zu erneuern, kam der Bitte aber erst 20 Jahre später nach und errichtete den Westturm, der bis Weihnachten 1914 als Landmarke diente. Dann zerstörten die Engländer ihn bei einem Angriff während des ersten Weltkrieges.
Im 16., 17, und 18. Jhd. waren die Zeiten auf der Insel hart, denn Piraterie nahm überhand und eskalierte als das Geschlecht des Grafen von Oldenburg ausstarb und Wangerooge zusammen mit dem Jeverland 1667 in den Anhalt-Zerbstischen Besitz überging.
Dieselbe Sturmflut von 1855, die die alte Siedlung freilegte, teilte auch die Insel in drei Teile. Der Hauptteil der Insel schrumpfte auf 175ha und der Westturm war das einzige was stehenblieb. Die meisten Inselbewohner verließen die Insel und die oldenburgische Regierung siedelte die Insulaner auf dem Festland in Hooksiel und der Nähe vom Varler Hafen an. Letztere Siedlung trägt auch den Namen Neu-Wangeroog und das Wangerooger Friesisch hielt sich hier länger als auf der Insel selbst. Die Regierung wollte die Insel aufgeben, aber 82 Inselbewohner weigerten sich die Insel nach der Flut zu verlassen und bauten sich ein neues Inseldorf im Osten der Insel auf. Wo sie ein Jahr nach der Flut auch den Bau des Inselleuchtturms fertig stellten.
1804 wurde die Insel zum Seebad und Bädertourismus und Kurbetrieb waren eine wichtige Einnahmequelle für die Einwohner. Seit 1892 wird Kurtaxe erhoben.
Im 19. Jhd. nach Einrichtung eines Nordseekriegshafens in Wilhelmshaven, wurde Wangerooge für die preußische Regierung strategisch wichtig. Weshalb das Deutsche Reich, welches die Preußische Regierung ablöste, 1871 eine Millionen Mark in den Inselschutz investierte. Als erster Schritt wurde die bis dahin in drei Teile zerrissene Insel durch eine Reichsmauer und den Reichsdeich zusammengeführt und im Nordwesten wurden stabilisierenden Deckwerke gebaut. Deiche und Buhnen wurden im Osten installiert, um das Abschwemmen des Inselsandes in den Jadefahrwasser, der den Schifffahrtskanal für Kriegsschiffe darstellte, zu verhindern.
Sowohl im ersten wie auch im zweiten Weltkrieg war Wangerooge auf Grund seiner Lage an der Schifffahrtsrinne für Kriegsschiffe aus Wilhelmshaven ein strategisch wichtiger Punkt. Somit wurde die Insel mit Artillerie Kanonen und Geschützbatterien gegen feindliche Seeziele und feindliche Luftziele ausgestattet. Im zweiten Weltkrieg waren zeitweise bis zu 5000 Mann der Marine und Luftwaffe dort stationiert. Ab dem ersten Tag der britischen Kriegserklärung stand Wangerooge unter Beschuss. Fast jede Nacht des 2. Weltkrieges wurden Angriffe auf die Insel geflogen. Die deutsche Luftwaffe war durch ihre Jagdflugzeuge, die ab Wangerooge starteten, der RAF deutlich überlegen, weshalb die Briten recht bald anfingen ihre Angriffe nur noch nachts zu fliegen. Die anfänglichen Erfolge der deutschen Luftwaffe beruhten auf einer streng geheimen Radartechnik, die auf der Insel stationiert war und den Decknamen WAL hatte. Mit ihr konnten feindliche Kriegsflugzeuge bis zu 400 km entfernt ausgemacht werden und die eigenen Abfangjäger konnten auch beim Nachtflug direkt an ihr Ziel geleitet werden. Außerdem waren auf dem Inselflughafen auch Minensuchflugzeuge des Typs Ju52 stationiert. Sie suchten nach britischen Seeminen, die im Schiffskanal abgeworfen wurden, um deutsche Kriegsschiffe aus Wilhelmshaven untauglich zu machen.
Erst im Oktober 1944 fingen die Alliierten an auch wieder tagsüber Angriffe zu fliegen. Zu diesem Zeitpunkt machte sich die Stärke der britischen und amerikanischen Bomberkommandos deutlich bemerkbar. Luftangriffe zu Beginn des Krieges auf Wangerooge waren um die 100 Bomber groß, gegen Ende formierten sich bis zu 1000 Maschinen zum Bombenabwurf. Am 25. April 1945 kam es zum Großangriff auf die zu dem Zeitpunkt als Festung erklärte Insel. 482 Flugzeugbomber der Briten, Kanadier und Franzosen starteten zum Angriff auf die Insel mit einer Gesamtladung von 2176 Tonnen Bombenfracht und 3300 Mann Besatzung. Ziel war es großkalibrige Abwehrsysteme zu zerstören, die von den Alliierten auf der Insel vermutet wurden. Allerdings hatten die Deutschen bereits vieles abgezogen und stattdessen Holzattrappen aufgestellt. Der Angriff wurde nach einer viertel Stunde und nach 6000 abgeworfenen Bomben eingestellt und hinterließ eine Kraterlandschaft auf der Insel.
Es starben 131 deutsche Soldaten, 6 Marinehelferinnen, 21 einheimische Frauen und Kinder sowie 121 Zwangsarbeiter. Letzteren wurde der Zugang zum Schutzbunker verwehrt. Die Alliierten verloren 6 Bomber. Ein Befehlsbunker mit 20 Personen wurde mit den beinhalteten Leichenteilen versiegelt und zur Kriegsgrabstätte und Denkmal erklärt. Der Anschlag galt militärisch als Fehlschlag. Alle vorhandenen Geschützbatterien waren innerhalb einiger Stunden wieder einsatzbereit, deswegen kapitulierte die Insel auch nicht und galt weiterhin als Festung. Der Krieg endete auch auf Wangerooge erst mit dem Rest von Nordwestdeutschland als die bedingungslose Kapitulation am 05.05.45 um 7 Uhr unterzeichnet wurde. Am 20. Mai 1945 wurde die Insel von den Kanadiern besetzt. Die Demilitarisierung nach dem Krieg erfolgte durch die britische Besatzungsmacht. Die Jade Kaserne wurde zum Landschulheim umfunktioniert, welches auch heute noch alle Schulformen von der 1.-10 Klasse unterrichtet (um Abitur zu machen, müssen die Schüler danach auf das Internat nach Esens). Militärische Hinterlassenschaften wurden unbrauchbar gemacht. Die meisten Bunker wurden gesprengt oder sie wurden entmilitarisiert und als Lagerräume verpachtet. Auf der Düne, die landläufig als Pudding bezeichnet wurde, wurde der Bunker erst zu einem kleinen Eisstand und später zum Café Pudding umgebaut, dass auch heute noch an die Vergangenheit der Insel erinnert und als eines ihrer Wahrzeichen gilt. Die Flughallen des Flughafens wurden durch die Besatzungsmächte auch zerstört. Ein 1951 angelegter Ehrenfriedhof erinnert an die Gefallenen. 1952 wurde der Flughafen wieder errichtet und für rein zivile Zwecke genutzt. In der Nachkriegszeit kam der Badetourismus nur schleppend in Gang. Badetouristen entlohnten ihre Vermieter in Naturalien sowie mitgebrachten Baumaterialien. 1956 wurde ein Meerwasserbad errichtet, das zu seiner Zeit das größte Freibad der ostfriesischen Inseln war.
1969 wurde das Wangerooger Wappen entworfen. Der Turm im Wappen ist der Hoogen Toorn, der 1602 fertiggestellte und 1914 gesprengte Westturm, der für die Einwohner zu seiner Zeit eine wichtige Rolle als Seezeichen, Leuchtturm, Kirchenraum und bei Sturmflut als letzte Zuflucht spielte. Das Schild mit dem goldenen Löwen am Turm soll die Zugehörigkeit zum Jeverland und dem Landkreis Friesland aufzeigen. Der goldene Streifen unter dem Turm symbolisiert den Sandstrand. Die blau-silbernen Wellenlinien hinter dem Turm symbolisieren das Meer. Die Farbwahl ist typische Oldenburger Farbwahl.
Auf dem Westturm war auch ein Triangulationspunkt für Landvermessungen angebracht. Dieser konnte auch auf dem alten 10 DM Schein zusammen mit anderen wichtigen Vermessungspunkten bewundert werden.