Um 50 nach Christus erwähnte der Römer Plinius eine große Insel die er Burchana nannte. Es ist anzunehmen, dass aus dieser „Superinsel“ später Borkum, Norderney uns Juist entstanden sind. Um das Jahr 1400 wird Juist zum ersten Mal urkundlich erwähnt. Besiedelt wurde die Insel aber offensichtlich schon früher. Dies schließt man aus dem Fund eines Schweinskopfes, der 2002 in einem alten Brunnenschacht am Strand gefunden worden ist.
Um das Jahr 1500 herum existieren Berichte die von einer Pferdezucht auf Juist kündeten. Heu gab es auf der Insel aber keines. Dieses musste umständlich von einer damals existierenden Nachbarinsel Bant herbeigeschafft worden sein. Der Graf von Ostfriesland war für die Pferdezucht auf Juist verantwortlich. Warum er die Pferdezucht auf der Insel, und nicht wesentlich einfacher am Festland betrieben hatte, ist unbekannt. Man muss sich vorstellen dass es in diesen Zeiten nicht so einfach war auf die Insel zu gelangen.
1530 gab es dann 23 Häuser und eine wilde Pferderasse auf Juist. Ebenfalls war Ackerland und Weidefläche vorhanden. Dies berichtete zumindest der ostfriesische Kanzler Henricus Ubbius. Es herrschten also günstige Bedingungen für die Landwirtschaft. Aber nicht für lange Zeit. Im Laufe der nächsten Jahre und Jahrzehnte wurde das Leben auf Juist schwieriger. 1570 kam es zur Allerheiligenflut. Diese verwüstete große Teile der Insel und raubte den wenigen Menschen Ihre Existenzgrundlage. 1640 gab es erste Niederschriften einer Inselkirche auf Juist. Die Kirche war der Zufluchtsort für die Insulaner bei Sturmfluten und anderen Katastrophen. 1651 kam es dann zur Petriflut. Diese Flut teilte die Insel in zwei Hälften und war so heftig, dass sie die Mauern der Inselkirche unterspülte. Die Kirche brach daraufhin zusammen. Es musste für die Menschen der damaligen Zeit ein böses Omen gewesen sein.
Aber die Menschen auf Juist waren zäh. Sie bauten etwa 700 Meter weiter nordöstlich eine neue Inselkirche. Bis zum Jahr 1687 war es ein ständiger Wettlauf mit dem immer weiter vordringenden Meer. Häuser wurden weggespült und wiederaufgebaut. Landwirtschaftliche Nutzfläche wurde immer weiter dezimiert. Bald konnten die Insulaner Ihre Abgaben an den Grafen nicht mehr leisten. Um 1700 herum war der Höhepunkt der Leidensgeschichte erreicht. So dachte man.
Doch 1715 legte das Schicksal nochmals ein Schippe Leiden oben drauf. Die sogenannte Fastnachtsflut zerstörte das komplette Dorf und die neue Kirche. Die Insel war noch immer zweigeteilt. Die Bewohner konnten sich nicht einigen wo das Dorf erneut aufgebaut werden sollte. So entstanden 2 Dörfer. Im Westen Billdorf und im Osten Loogdorf. Billdorf wurde allerdings zwei Jahre später wieder, wie kann es auch anders sein, durch eine Flut komplett vernichtet. 28 Menschen ertranken. Billdorf wurde nicht mehr wieder aufgebaut. Wer überlebt hatte zog nach Loogdorf und ließ sich dort nieder.
Gottes Segen schien nicht wirklich über Juist zu liegen. Man hatte bis dahin 4 Kirchen errichtet und 3 davon wurden zerstört. Der Lebensstandard der Insulaner sank unaufhaltsam. Fruchtbares Ackerland, die Grundlage der damaligen Wirtschaft, ging mehr und mehr durch Sandverwehungen und Fluten verloren. Der Bestand an Vieh musste immer weiter verringert werden, welches die wirtschaftlichen Probleme und die Versorgung der Inselbevölkerung weiter verschärfte. Man musste sich umorientieren um überleben zu können. So kam es, dass die meisten Männer nun zur See fuhren. Sie heuerten auf Walfang oder Handelsschiffen an. Zwischen 1750 und 1770 wanderte das Dorf immer weiter nach Osten. Immer wieder mussten Häuser aufgeben und weiter östlich erneut aufgebaut werden. Um 1780 hatten sich nun die meisten Bewohner von Juist in dem neuen Hauptdorf angesiedelt. Dann wurde die mittlerweile 5. Kirche auf Juist errichtet.
Im Jahre 1783 empfahl der Pastor der 5. Kirche, Otto Christoph Janus, mit einer Eingabe an den damaligen Lehnsherren, Friederichs des Großen, zum ersten Mal das Seebaden. Damit wurde Pastor Janus zum „Erfinder“ der deutschen Seebäder. Es dauerte aber noch ein wenig, bis ein Seebad so wie wir es kennen, Gestalt annahm. Denn zuerst kam der Krieg, und es blieb nicht nur bei einem. 1811 besetzten holländische Truppen Juist. Der Kommandant ließ die Kirche im Ostdorf zu einer Festung umbauen und das Pfarrhaus wurde zur Kaserne für seine Soldaten.
Die Soldaten waren leider etwas unachtsam und so kam es, dass sie das Pfarrhaus zwei Jahre später durch ein Missgeschick abrannten. Ob dabei Alkohol im Spiel war ist nie ganz geklärt worden. 1816 verließen die Holländer Juist und es regierte von da an das Königreich Hannover. Ab 1866 gehörte Juist dann zu Preußen.
1840 wurde das erste echte Seebad gegründet. Es war seiner Zeit aber weit voraus und musste daher mangels Kundschaft 1858 wieder aufgegeben werden. Aber wie die Juister so sind zählt das Wort „Aufgeben“ nicht zu ihrem Sprachgebrauch. Und so wurde das Seebad 1866 erneut eröffnet. Diesmal mit Erfolg. Die Anzahl an Gästen nahm immer mehr zu. 1873 entstand das erste Warmbadhaus auf der Insel und 1884 kamen schon 700 Gäste jährlich auf die Insel. Für die damalige Zeit ein absoluter Rekord.
Um Fracht einfacher zu entladen, und Gästen eine bequemere Anreise nach Juist zu ermöglichen, baute man 1894 die erste Landungsbrücke. So mussten die Gäste nicht mehr mit kleinen Booten an den Strand gebracht werden, sondern konnten bequem und trockenen Fußes vom Schiff auf die Landungsbrücke wechseln. Um den Gästen immer mehr Annehmlichkeiten bieten zu können wurde eine Pferdebahn gebaut. Diese durchquerte mit über 900 Metern Schien das Watt. Nachdem sie durch eine Sturmflut erheblich beschädigt wurde übernahm später dann die erste motorgetriebene Bahn Deutschlands den Betrieb. Im Jahr 1900 besuchten über 4.000 Gäste jährlich die Insel Juist. Im Winter 1928/1929 stellet die Natur Juist einmal mehr auf die Probe. Der Winter war so hart das die Schiffsverbindung zum Festland nicht mehr möglich war. Es wurde versucht Juist mit Transporten über das zugefrorene Meer zu versorgen. Letztendlich musste die Insel aber dann mit Flugzeugabwürfen aus der Luft versorgt werden.
Zwischen 1928 und 1932 wurde ein mächtiger Deich gebaut. Dieser Deich entstand vor der Hammerbucht und beendet die bis dahin immer noch bestehende Zweiteilung der Insel. In den nächsten Jahren entstand das Rathaus, der Kurplatz und das Postgebäude. Im Jahre 1934 bekam Juist dann seinen Flugplatz. Der zweite Weltkrieg unterbrach erst einmal die Nutzung als Seebad. Juist wurde zum strategische Außenposten im Meer und in der Folge auch von alliierten Bombern attackiert. Diese richteten schwere Zerstörung an zahlreichen Häusern an.
Nachdem der Krieg vorbei war wurde der Badebetrieb 1946 wieder aufgenommen. 1964 wurde die legendäre Inselkirche aus dem 18 Jahrhundert abgerissen. Niemand schien an Denkmalschutz oder Kulturerbe gedacht zu haben. Es mag etwas höhnisch anmuten, dass die einzige Kirche Juist, die endlich den Naturgewalten trotzen konnte, am Ende von Menschenhand abgerissen wurde. Nach dem Abriss wurde eine neue, die 6 Inselkirche, errichtet. Diese steht wundersamer Weise noch heute und kann besucht werden.
1978 erfolgte ein Neubau des Deiches in Richtung Süden. Als besondere Attraktion erhielt der neue Deich eine begehbare Krone. Man kann sie auch als Fußgängerpromenade bezeichnen. 1982 wurde ein neuer Hafen in Betrieb genommen. Dieser wurde durch die steigenden Touristenzahlen nötig und lag wesentlich näher am Inseldorf. So wurde die bis dahin immer gerne als Zubringer genutzte Inselbahn überflüssig. Sie wurde kurz nach der Hafeneröffnung stillgelegt.
1991 wurde der Flughafen ausgebaut und erhielt eine neue Start und Landebahn. Diese war nun 700 Meter lang.
Aber die vergangenen Jahrzehnte waren nicht nur von Erfolgen gekrönt. Immer wieder richteten Sturmfluten schwere Schäden an. Vor allem an den Billdünen im Westen. Es kam zu immer mehr Dünenabbrüchen und langsam wurde klar das dies die Sicherheit von Touristen und Bevölkerung erheblich gefährdeten. 2007 wurden die Billdünen mit einem hohem finanziellen Aufwand verstärkt und gesichert. Diese Verstärkung erreicht eine Länge von knapp einem Kilometer und besteht aus aufgeschüttetem und danach bepflanztem Sand. 2013 richtet ein Orkan schwere Zerstörungen der Dünen im Bereich des Hammersees an. 2014 wurde daher mit massiven weitern Dünenschutzmaßnahmen begonnen.